因为木叶高层和宇智波一族的关系很微妙，在战争结束后，两方势力便开始了暗斗，木叶高层用着九尾入侵的借口，在村里散播谣言，说是宇智波一族的人控制的九尾，造成的奇袭。
虽然大部分的忍者都知道事情是小智做的，但普通村民不知道啊，而且小智也拥有写轮眼，这些村民自然就认为是小智是宇智波一族的叛徒。
随着宇智波一族越来越被村民们排斥，最终，宇智波的族长宇智波富丘，也就是鼬的父亲，终于忍不住了，想要篡位，将火影的位置抢到手。
从小就知道战争的残酷和经历过九尾入侵事件的宇智波鼬，自然不希望再次发生这种大规模的灾难，因此开始当起了双面间谍，在暗部中，一方面给予宇智波一族虚假的情报，另一方面又将宇智波一族的情报交给了木叶。
随同的还有他的挚友宇智波止水，只可惜宇智波止水是在团藏的手下做事，而团藏偏偏又是那种宁可杀错一千，也不可放过一个的人，对于宇智波止水送来的情报，根本不抱有任何信任。
宇智波止水的写轮眼是幻术系的，在三勾玉状态时，就能够控制一些同级的忍者，再加上速度其快的瞬身术，让人对止水的幻术防不胜防，因此有了个瞬身止水的称号。
再一次任务中，宇智波止水开启了万花筒写轮眼，知道这件事情的人，只有宇智波鼬和团藏，在看到止水的万花筒后，团藏终于忍不住了，想起小智控制九尾的那股瞳力，团藏的黑手，伸向了宇智波止水。
在一番战斗下，宇智波止水的左眼在被团藏抢走后，勉强逃了出来，随机将事情告诉给了自己的好友宇智波鼬，在得知了宇智波止水的事情后，宇智波鼬这才了解了宇智波一族和木叶高层之间的严重性。
将仅剩的右眼交给了宇智波鼬后，止水跳河自杀，亲眼看着止水自杀的宇智波鼬，在内心痛苦之下，开启了万花筒写轮眼，也是自宇智波斑去世以来，第四个开启万花筒的人。
宇智波斑是第一个，随后是面具男，再然后是小智，止水，最后就是宇智波鼬。
为了防止木叶高层和宇智波之间的斗争波及村子，宇智波鼬在无奈之下，接受了木叶上层给予的将宇智波一族灭族的任务，其中也提了一个条件，那就是保护好他的弟弟，宇智波佐助的安全，宇智波灭族之后，鼬便加入了晓组织做木叶的卧底。
“宇智波一族的驻地分为ABCD四个区[有趣小说 www.youquxiaoshuo.com]域，角都和飞段负责A区，大蛇丸和宇智波鼬负责B区，鬼鲛和绝负责C区，我和蝎负责D区，至于阿飞自由行动，没问题吧。”
看着宇智波一族驻地的地图，小智将任务分配给了组织成员们，而众人也都是认同的点了点头，反正无论去哪一个区，都是一样的。
“动作要快一点，虽然和木叶的团藏有着交易，但也不能防止对方会临时反叛，这点要尤其注意，团藏这个家伙，为达目的不择手段，大家要小心一点。”
说完后，小智一挥手，众人便四散而去，负责各自的区域，而小智带着蝎，一个月步，来到了木叶的上空，朝着D区飞去。
“怎么回事，这个结界是谁弄得。”
“好像是幻术结界，不会是木叶要对我们动手了吧。”
宇智波一族的驻地里，一道庞大的黑色结界，将整个宇智波一族笼罩在内，宇智波一族本身就距离木叶热闹的区域有一段距离，再加上幻术结界的关系，就算有人经过这里，也发现不了里面的情况。
“还真是一群白痴的族群呢，明明和木叶的关系已经到了水火不容的地步，防御竟然还这么薄弱，不知道该说他们对自己的实力有信心呢还是应该说他们自大呢。”在一栋小木屋顶端，小智看着下方的宇智波一族的人说道。
“怎么样，现在开始吗？”已经忍不住拿出自己的傀儡卷轴，蝎有些激动的说道。
“啊~先把一些垃圾给干掉再说，省的等会还要一个个的找火遁豪火灭却。”只见小智双手飞快的结印，在结印期间，蝎也是召唤出了自己的傀儡大军，只见空中差不多有两百个左右的傀儡出现。
“轰隆隆”一股庞大的火焰，将宇智波一族的D区整个笼罩，造成了死伤一片的景象。
“啊！！！”
“啊！！”
“啊！”
随着豪火灭却的攻击，不少宇智波一族的人都受到了伤害，一些还没有成为忍者和只有下忍中忍实力的人，死的死，伤的伤。
“赤秘技百机操演。”随着豪火灭却的攻击的结束，蝎的绯流琥突然开启，一个有着酒红色头发的傀儡少年，出现在了小智的眼前，正是蝎的本体，他竟然将自己的身体，也制作成了傀儡。
蝎将自己身体右边的盖子打开，瞬间，几百根查克拉线，将上空的傀儡全部连了起来，随后，这些傀儡仿佛有了生命一样，不断的收割着已经乱成一团的宇智波一族的人的生命。
“虽然知道之前的你不是本体，但我也没想到你竟然会将自己的身体也制作成了傀儡。”看着控制着两百多傀儡的蝎，一旁的小智很是讶异的说道。
“只有永恒的存在，才能够显示出我的艺术，这样的我，可是完全不死的存在。”
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