刘基果然非等闲之辈，来到应天府没过多久就呈上了《时务十八策》。这十八策的主要内容是：一、先灭陈友谅、再取张士诚；二、剿灭方国珍；三、屯兵以自养；四、勿过度扰民、过度使用民力；五、严肃军纪、治军有方……
朱元璋阅之大喜，再次揖拜刘基，称其为“先生”而不直呼其名，事无巨细，都要向他讨教。
逐渐感受到冷落的李善长心中愈发不痛快，他觉得自己第一谋臣的地位岌岌可危。
其实在众人眼中，朱元璋并没有冷落李善长，他依然是军中的大总管，负责管理文案，只是谋议战事这些情况少了一点而已。但是朱元璋以前太依赖他了，如今稍微偏重刘基，就让他顿感失落，甚至害怕彻底失去朱元璋的宠信，开始有意无意和刘基别苗头。
同为文官，李善长心理微妙的变化很快就被应天府奏差胡惟庸察觉。所谓奏差是个很不入流的小官，掌赍送表笺章疏。胡惟庸听说朱元璋爱才，他自负才高八斗，巴巴地赶来投靠，却只混了个如此微末的文官职位，可想他心中有多郁闷。此时见李善长郁郁寡欢，满脸落寞，立刻意识到巴结的机会来了。
胡惟庸备上礼物登门求见，他用了一个很不错的借口——定远同乡拜访。这时候的人向来看重“同乡”之情，一般都不会拒之门外。
但是对李善长来说，同乡多了去，朱元璋的旧部大多起源濠州、定远等地，随随便便一抓，就能揪出一个定远人。若是平时他根本就不会接见这些所谓的同乡，然而此刻的他有一种墙倒众人推的心情，听见居然还有人肯来拜见自己，除了惊讶更生一份感动。
胡惟庸是个非常善于钻营的家伙，来之前特意打探了李善长的事迹和脾性，句句投其所好，提到刘基等江浙文士都带贬义，哄得李善长笑颜逐开。瞧着火候到了，他就恭敬备至地说道：“学生仰慕总管大人已久，大人高风亮节，劳苦功高，令学生十分敬佩，希望能够拜在大人门下，从此马首是瞻。还请大人不要嫌弃学生愚钝。”
李善长很高兴，所有人都只看重那个新来的刘基，想不到还有人如此尊敬自己，而且胡惟庸本身就满腹经纶、才华横溢，当下就将他收为门生，视为心腹。
作为心腹的胡惟庸没有让李善长失望，他在选送章疏的时候，常常把刘基的折子押后晚送，甚至把刘基上疏的内容偷偷告诉李善长。
李善长就是用这种方式提前准备万全之策来打击刘基的政见，因为他准备充分，言辞犀利，所以还真有几次诘难住刘基，让其颜面扫地。
官场里，党派之争在所难免，然而现在朱元璋大局未定，刘基不欲与李善长针锋相对，处处忍让，倒叫李善长很是得意狂放了一阵，在文官中屹然成为领军头羊。
胡惟庸的效忠没有白付出，有了李善长的提携，没过多久，他就从奏差一职调到宁国任主簿、知县……最后更是平步青云成为丞相，位居百官之首。此乃后话，暂且不提。
朱元璋赶回应天府就是为了对付陈友谅的进攻，之前陈友谅还没自立为帝的时候曾经挟徐寿辉攻打朱元璋占据的太平，如今又对应天府虎视眈眈。
为什么说陈友谅居然会挟徐寿辉这个皇帝攻打朱元璋呢？因为徐寿辉对此事非常不赞同，他当时万般无奈地说道：“你想做什么我都不反对，但是我们和朱元璋同是起义军，为何不一起抗元？何苦自相残杀。”
陈友谅心中大怒：真是个蠢货，也不看看当前的形势，哼！你还以为你是谁，竟敢用这种教训的口气跟我说话，本来还想留你一命，是你逼我的！他面上神色不动，当着众臣喏喏说道：“陛下，虽然我们和朱元璋同是起义军，但这天下只能有一个王，就算我们不除掉朱元璋，朱元璋早晚也会对我们下手，难道陛下不趁其弱小时灭掉，还要留着任其强大吗？”
就这样陈友谅挟持徐寿辉出兵，等过了几天，他以查看地形为由将徐寿辉骗到采石矶，乱石砸死，接着又谎称是徐寿辉自己跌倒摔死的。
眼看天完国群臣无首，陈友谅的二弟陈友贵趁机站出来拥护大哥为天完皇帝，三弟陈友仁手持长剑虎视眈眈地注视着众人，若有谁敢不允，他就毫不留情地刺过去。
此时陈友谅已经基本掌控了天完政权，众臣对他的心狠手辣十分惧怕，对徐寿辉的死更是噤若寒蝉，面对刀光剑影莫不低下头颅俯首称臣。
陈友谅连谦逊都懒得假装一下，马上自称皇帝，建国号曰汉，改元大义，以邹普胜为太师，张必先为丞相，张定边为太尉兼知枢密院事。
汉政权建立之后，陈友谅率主力顺流东下，直捣应天府，同时派人约张士诚东西夹击，企图一举消灭朱元璋。
这段时间张士诚的日子也不好过，他没料到朱元璋的军队如此强硬，居然能和他的势力旗鼓相当、不相上下。每一场战争都难免损兵折将，他向朝廷请兵支援，朝廷却无动于衷。这让他的手下日渐担心，部将在富饶的江浙已经过惯了奢靡安逸的生活，不肯再拿性命去搏，纷纷劝他暂时收兵保存实力，还有人把达识帖木儿和心腹的对话告诉他，要他防备朝廷的反扑。
张士诚大惊，为了不让元廷对付自己，怎么也得给朱元璋留条活路，所以并没答应和陈友谅夹击朱元璋。特别是听得陈友谅和朱元璋要开战的消息，他高兴地差点睡不着，这两人使劲打吧，打得越激烈越好，等他们两败俱伤，自己再去捡便宜。于是他便心安理得地观望起来，全然想不到朱元璋的下个目标就是自己。
徐寿辉原本有几员心腹大将，都被陈友谅铲除得差不多了，丁普郎和傅友德见势不妙又十分鄙视陈友谅的为人，索性带兵投奔了朱元璋，并把陈友谅前来攻打应天府以及勾结张士诚的阴谋和盘托出。
朱元璋冷汗狂流，他以为陈友谅被假图纸误导，对应天府威胁不大，想不到陈友谅不仅举国出击，还要联盟张士诚。幸亏他听了刘基的话，做好了与陈友谅作战的准备，否则陈友谅的精兵大舰到来，自己岂不是只能处于挨打的地位？