超梦是在一座孤岛的研究所里，由从化石中重新取得的梦幻——一种极为珍稀一度被认为已经灭绝的神奇宝贝——梦幻的DNA创造出来的。
在研究所里，超梦和小爱还有小火龙，卡咪龟，妙蛙种子在精神世界里认识了，懵懂的小超梦开心的和他们度过了一阵，但是好景不长，现实中的御三家生命消亡，精神世界里，它们也消失了，而小爱也越来越透明。
“小爱，你怎么了？”幼小的超梦有点不好的预感。
“我感觉我也要说再见了呢...”小爱在慢慢的消散。
小超梦的眼睛里涌出了泪水，它用手擦了擦，愣住了，“这是...”
“那是眼泪~”小爱笑了起来。
“眼泪？”
“生物在感觉到痛的时候，就会有眼泪流出来，因为悲伤而流泪的，就只有人类，超梦你果然是人类呢...”小爱的身体慢慢的变成晶莹的碎片，眼中有泪光闪烁，
“谢谢你的眼泪，不过不要哭，你还活着，你要活下去呀，知道吗？那会很有趣的...”
小爱的身体随着泪水变成了漫天晶莹的光点，然后渐渐消逝。
“小爱，眼泪停不下来怎么办？回答我啊~小爱~~~”空旷的精神世界就只剩下幼小的超梦在无助的喊着。
......
“这开局不对啊？不会是悲剧吧~”
“机器猫那边可是欢乐到底，这边不可能是悲剧吧？”
“当然不是了，我可是看”
“就是，我也”
弹幕开始闹腾了，一大堆只有半截的弹幕冒出来。
“透剧一时爽，全家火葬场呦~~~”叶洛让度娘直接切掉了透剧的部分。
......
“我是谁？”“我来自哪里？”“我要作什么？”
超梦醒来之时一直就问出了这些个问题，但是研究院的总做人员就只是一味的吵嚷着能超梦能卖多少钱，在他们的话语中，超梦知道了自己无非是一个试验产品，它到十分痛苦，大发神威的摧毁了实验室。紧接着超梦遇到了火箭队的首领坂木，坂木提议超梦为其捕获神奇宝贝，而作为交换坂木将帮助超梦控制其力量。在接下来的时间里，超梦不断被训练，于坂木的道馆中与挑战者对战并于野外控制神奇宝贝们以便于火箭队捕捉。超梦最终意识到坂木无非是将它当作了工具，随即超梦摧毁了火箭队总部。在击败坂木后，超梦回到了它被创造出的岛屿密谋报复人类。
......
“卧槽，超梦好牛叉~”
“这是神兽吧？能抓吗？”
“我好像看到那个火星人抽到过...”
这会倒是没有透剧的了，不过被带起了节奏，都在问游戏里超梦在哪。
最后一排两个脑袋凑在一起，叶洛给林雨依说着笑话，逗得林雨依笑眯眯的，忽然感觉到现场气氛不大对劲，抬头一看，好嘛，放映室里的人全看过来了。
“你们这是要干嘛？不好看吗？”叶洛一脸懵逼。
众人齐刷刷的摇头，指着满屏都是在问哪里能抓到超梦的弹幕。
“哦，你说超梦啊，这些神兽在游戏里有小概率十连抽能抽到，还有在特定的野外也有小概率碰到，不过都要收服......”叶洛直接说了出来，不过这个几率嘛——我们花两块钱还有小概率变成500万呢，更何况还要收服，想想国足横扫世界杯的难度吧...
......
另外一边，在海边休闲度假的小智一行人收到一封由快龙送来的神秘招待券，光盘里投影出一个女仆装的美女。
“请原谅我冒昧给您来信，你们是最被认为最有前途的小精灵训练家，所以想邀请各位参加我主人举办的，最强的小精灵训练家派对，这是最强的小精灵训练家的邀请...”
好奇的小智一行向新岛的神奇宝贝城出发。当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。港口管理员为了不让小精灵和他们遭到任何的意外，坚决不让众人出航，女警君莎也赞同管理员的看法。正当小智烦恼无法前往新岛之际，港口出现了一艘小船，船上维京人打扮的船家答应在小智他们渡海。正当众人在海中央之时，突然一个大浪打来，让操纵小船的船家露出了火箭队的真面目。小船被大浪打翻，小智和小霞赶紧叫出杰尼龟和宝石海星让众人紧捉，向新岛游去。
来到新岛，超梦揭露了事实：小智一行人和另外三名训练家超梦被选为“最强的神奇宝贝训练家”，后者制造了风暴来考验他们的意志。超梦斥责了他们与各自神奇宝贝的关系，小智和其余训练家在目睹了超梦出于个人目的绑架了乔伊小姐后使用对超梦进行了挑战。
超梦使用对应的克隆神奇宝贝轻易的打败了他们，并开始使用特殊的神奇宝贝球对其进行了收服。小智追逐着四处躲避的皮卡丘来到了小岛的深处，发现并摧毁了克隆机器。爆炸使得所有克隆品被释放，与此同时超梦下令它的神奇宝贝大军击败所有岛上的人类。
小智出于激愤攻击了超梦，后者将其推开并打飞，紧接着之前偶尔出现并为超梦所吸引的梦幻救起了小智。
此时，超梦和梦幻怼上了，而训练家们的神奇宝贝们与其克隆品的野蛮战斗也彻底爆发，但智爷的皮神拒绝和自己的复制品争斗，被对手啪啪打脸。火箭队的喵喵碰到了自己的复制小精灵，互相亮了亮爪子，坐在一起变成了哲学喵，看着乌云满天的黑夜想起月亮来。
“皮神好可怜~~~”
“真不愧是喵喵吗？连复制体都这么的没节操...”
“火箭队秒变哲学队，不愧是真?主角......”
“雨依，这个时候就得看弹幕了，有时候弹幕比剧情更有趣，你看那个......”叶洛和林雨依在咬耳朵，时不时的指着某条弹幕乐不可支。