虽然和黄立极、徐光启谈论陕西事务时，朱由检摆出了一副胸有成竹的神情。也让这两位内阁大臣们接受了，他提出的看似和稀泥的主张。但朱由检心里并没有表面上看起来这么乐观，会谈后他让人先送走了黄立极，自己则留下和科学院的院士、研究员们交谈了一会，这才转身离开了科学院。
乘坐马车返回皇城的朱由检，并没有直接回去后宫，而是去了总参部所在的武英殿。得到皇帝驾临的消息之后，孙承宗便带着总参谋部的成员们走出了殿门前来迎接崇祯。
朱由检走上月台后，对着向自己屈身行礼的官员们挥了挥手说道：“不必多礼了，都进去说话吧。朕今日过来，就是想知道昨日朕命人送来的文件，总参谋部讨论出结果来了吗？”
孙承宗直起了身子，看着崇祯说道：“臣等到是讨论过了，但是现在尚没有得出结果，陛下不如先入殿再说？”
看着孙承宗侧身作出邀请的姿势，朱由检转着眼珠想了想，便沉默的向着武英殿内的会议室走去了。在会议室内坐下不久，朱由检便再次向孙承宗等人说道：“这样，就从孙先生的下手开始，每个人都发表一下自己的意见好了…”
孙承宗看了会议桌周边的下属一眼，便点头赞同道：“这样也好，就从伯雅开始吧。”孙承宗说着便转头看向了自己右手边的孙传庭，以眼神示意他起身发表意见。自从孙传庭进入总参谋部后，因为他的进士身份，加上个人的才能，很快便取代了外放的袁崇焕，跃居于茅元仪之上了。
而出身于山西代州的他，在爆发了晋商通敌案之后，山西本地官吏的纷纷落马，也使得他成了不少山西士绅支持的对象，这让原本默默无闻的孙传庭，在京中倒是渐渐声名大噪了起来。
面白而短须的孙传庭，看起来就如一寻常的文士，得到了孙承宗的指示后，他便起身不疾不徐的向崇祯说道：“洪巡抚带领贺人龙、艾万年两军不足万人，独力剿灭了陕西高迎祥、紫金梁等多股土贼合并的数万大军，为陕西地方解去了大乱的危机，从这个结果来看，他们的确是有功之臣。
虽然，在平乱过程中，洪巡抚处置有不当之处，军中的将士也有违背军纪的行为，给朝廷造成了很大的困扰。但是现在如果我们要对洪巡抚和军中将士进行处罚的话，不仅会坐实了官军滥杀无辜的传闻，也许还会引起立功将士的不满，刚刚安定下去的陕西局势，也许又会出现反复。
臣以为，是不是对贺人龙、艾万年两将加以惩罚申斥，放过下面的将士，将这件事进行冷处理为好…”
接下去的几位参谋，也都认同了孙传庭的主张，唯有卢象升站起来之后，却慨然反对道：“如果放着杀戮平民的将士不管，这是置朝廷纲纪于何物？我们今日因为担忧贺人龙、艾万年两军会仗着武力反对朝廷律令，因而不做处罚。
那么他日再有军中将士犯错，我们究竟是管还是不管？若是不管的话，武人挟兵自重，岂不是要蔚然成风？武唐藩镇之祸，将始于今日…”
朱由检听了半天，终于明白了，总参谋部为什么不能做出一个统一的决定出来了。在从前，虽然他抽调了不少军校毕业生加入总参谋部，但是这些毕业生在孙承宗、茅元仪等老师的面前，就算有意见也不会太过坚持。
但是孙传庭和卢象升却不同，基于文官出身的习惯，他们很自然的把自己放在了和孙承宗平等的地位上，对于参谋部的其他人员也没有过多的想法，因此可以很自然的坚持自己的主张。
被崇祯授予了元帅职衔的孙承宗，虽然一如既往的获得了崇祯的信任，但是作为一名士大夫，他还是很明白权力的界限在什么地方的。他现在的地位实在太高，若是还要再独揽总参谋部的大权，朝野上下不安的文官们，恐怕就要把他当成最大的靶子来打了。
因此，在被授予元帅之后，孙承宗对于总参谋部的具体事务就很少再进行干涉，倒是差不多成了皇帝的传话筒。
在这样的局势下，刚刚加入总参谋部不久的孙传庭和卢象升，很快就同茅元仪分庭抗礼了起来。茅元仪在武官面前倒是毫无畏惧的心理，但是进士出身的文官面前，他总是下意识的想要退让三分。在袁崇焕面前他是这样，在孙传庭和卢象升面前，他也依然如此。
一场总参谋部的临时会议，倒是让崇祯很清楚的看到了总参谋部内在的权力支配派系。对于茅元仪在会上表现出来的无主见，让朱由检在心里也是大为摇头。他不由对茅元仪下了个定论，此人做一做行政事务，编写规范条文还不错，让他独当一面，大概还不及袁崇焕。虽然袁崇焕行事过于独断专行，但是对军事行动来说，最坏的决定也好过没有决定。
茅元仪领兵，一旦失败必然不可收拾，而袁崇焕大概还能把败军带回来一部分，两人的差别大抵就是如此了。
至于孙传庭和卢象升两人，前者虽然能够顾全大局，但是套用一句后世比较流行的话语进行评论，那就是他身上具有一种小资产阶级的软弱性。所以看到陕西平叛的报告后，第一时间想到的，就是维持当地稳定的局势，即便这种稳定已经损害到了总参谋部制定军纪的原则性。
至于卢象升，则是太过于刚正，对于违反军纪的贺人龙、艾万年两军将士，丝毫不考虑任何特殊情况，一心想要严明朝廷的法纪。
了解了总参谋部成员们的态度后，朱由检思考了片刻，便对着一边的孙承宗说道：“孙先生，朕看孙、卢两位参谋说的主张，都有一定道理。不如这样，朕也说说自己的意见，然后你们再讨论一下，争取尽快拿出一个办法，我们总不能让陕西平乱将士陷入不安，到时陕西的局势就更难收拾了。”
孙承宗对着皇帝点了点头说道：“还请陛下训下，臣等都聆听陛下的想法，也好让讨论有个方向。”
朱由检这才转头，扫视了一眼会议桌前就坐的参谋们，方才缓缓说道：“朕觉得，卢卿说的还是对的。大家都想一想，朝廷为什么是朝廷，就是因为朝廷掌握了执政之权，没有执政之权，就不会有所谓的朝廷。
执政之权，就是政权。什么是政权，就是镇压之权。朝廷如果没有镇压不服王令的地方之权，又凭什么可以号令天下，施政于四方？朝廷依靠什么来镇压四方，不就是依靠于军队吗？如果朝廷制定的军纪约束不了军队，那么我们还怎么依靠这只军队去镇压反对朝廷的地方势力？那不就是藩镇重现吗？
所以，军队是国家最重要的柱石，没有军队的朝廷，就不能称之为朝廷。因此，此次陕西、山西的地方军队违背军纪的行为，必须要得到惩戒，否则就不足以彰显朝廷现在对军队还是有控制能力的，这比区区一两只地方军队的反叛更具危险性。”
听到崇祯这么说，卢象升紧绷的脸顿时放松了下来，虽然他极力坚持自己的主张，但是在参谋部内支持他的人却不多，如今得到了皇帝的支持，他自然觉得事情也许还有转机，可以为无辜被杀的平民讨还公道。
不过就在孙传庭按捺不住，想要对崇祯说点什么的时候，朱由检却又改变了口风说道：“…但是，我们也应当看到。地方军队不守军纪，并不是从朕登基开始的，而是很久之前就已经出现了。边军也好、卫所军也好，这些军队的腐化，都是先从军官克扣军士口粮和饷银开始，上行下效之下，这才有了军队出征时的难以约束。
所以，我们也不能不顾前因后果，就这么打着约束军纪的口号，惩罚一批犯了军纪的将士，就算了事了。这并不是解决问题的办法，而是压制矛盾的做法。只要将士们无法得到应有的供给和军饷，被压制下去的矛盾必然会爆发出来，甚至会比今日更为猛烈。
朕以为，我们应当把这场平乱战事分成两个部分，作战期间和战后期间。在作战期间犯下的错误，也许只是将士们见血之后的一时冲动，因此应当以教育为主，惩罚为辅助。
但是对于战斗结束之后出现的违反军纪现象，就要严惩不贷，以儆效尤。而在军纪之中，朕以为有两条应当作为铁律，任何人不得触犯，犯者必死。第一就是杀戮平民冒功；第二是奸*人。
洪亨九在这场战事中的责任，由内阁派员去处置。但是贺人龙、艾万年两军在这场战事中违反的军纪，必须由总参谋部派员下去整顿。贺人龙、艾万年两人在军纪整顿完成之后，便让他们上京城学习一段时间。
当然，有惩罚也要有奖励。怎么说这两只军队都替朝廷平息了陕西的民变，因此总参谋部派员下去，也要计功授勋。这笔款项，朕会让人准备好，到时通过山西银行进行发放…”
崇祯的主张虽然偏向了卢象升一些，但是并没有完全否定另一方，因此参谋们大多数都点头支持了皇帝的意见。
孙承宗思考了一会，便向崇祯小声说道：“陛下既然认为有整顿两军，严肃军纪的必要。那么臣建议，不如将这两只军队顺势整编为新军一部，让左良玉所部前出编练两军，以防止整顿两军军纪时，有人闹事。”
朱由检点了点头道：“先生说的是，有备无患总是好事，就按照先生的意见去做。不过先生以为，谁去整肃这两只军队为好？”
孙承宗在茅元仪、孙传庭、卢象升三人身上打量了许久，转头向着崇祯说道：“还是伯雅去比较合适，他本是山西人，容易和两军将士进行沟通。且伯雅性格宽厚，行事较有分寸。”
朱由检也打量了孙传庭一眼，良久之后方点头说道：“也好…”