加入暗部，不仅仅意味着要隐匿身份与功勋，一心一意为火影办事，更意味着没有了秘密，过往、人际、能力，甚至与血继限界，都会被保存、研究。
暗部也从来不是什么建功立业的地方，他集合了忍村的暗与恶，旗木新雨作为一个身怀忍界从未出现过的“血继限界”的忍者，加入暗部，以为着他的死气之炎会被其他人研究，甚至尝试复制与实验。
旗木新雨明白这一切，但他还是义无反顾的加入了，如果不加入，他很可能会死在某一次任务中，卡卡西也是如此，最后舆论会再度逼死旗木朔茂。
风险与收益，是旗木新雨做每一件事情的驱动力，对比之下，他选择了加入暗部，成为一名“忠诚”的木叶忍者。
在前往暗部报道的前一天，旗木新雨来到了木叶医院，这里有几个病人，是他除去家人与老师外，最为熟悉的几个人。
同桌海野伊鲁卡，和他组合成恶霸三人组的神月出云和钢子铁，他们都在九尾之夜中，或轻或重的受到了生理或心理上的创伤。
因此在忍者学校再次开学之前，他们都会留在木叶医院，接受治疗与观察，旗木新雨来这里的目的，主要是给自己排忧解难。
他在木叶村，能说得上话的人不多，只有这几个远离了木叶高层的同学，能陪他说说话。
旗木新雨不知道，他的探望对于其他人来说有多重要，尤其是伊鲁卡，这个在九尾之夜中丧失了父母的少年，陷入了无尽的痛苦。
邻居们也都死了，或者成为了同在木叶医院的病友，没有人会关注到他这个天赋平平的忍者学校的学生。
告别了这几人，旗木新雨回到家就想要休息，但是卡卡西却难得的在房间中等他回来，卡卡西跟他说的话很简单，只是加入暗部的注意事项。
但旗木新雨能感觉的到，卡卡西内心的愧疚，旗木朔茂倒是没说什么，只是旗木新雨第二天准备出门报道的时候，发现旗木朔茂给自己整理好的衣服上面，放着一个护身符。
旗木新雨无奈的笑了，二战结束前的旗木朔茂，可是不可能信这些的，只是十年的时间，就让这个名噪一时的木叶白牙，变得多愁善感。
灰色马甲、忍刀、夜叉面具，这是旗木新雨加入暗部之后的第一笔收入，随后就是付出，能力登记，血液采样，对老成员的笔试。
由于是直属部队，猿飞日斩也来看着旗木新雨的考核，结果让他很满意，冷血、果决、听从命令，标准的暗部苗子。
一整年，旗木新雨不是在杀人，就是在杀人的路上，对于旗木新雨这一柄尖刀，猿飞日斩没理由会浪费在情报探查和护卫上面。
斩首、突袭、刺杀，才是旗木新雨该做的事情，旗木新雨也做得十分出色。
加入暗部一周年，旗木新雨被秘密授予了特别上忍的职称，从原先暗部小队脱离，开始建立自己的忍者小队。
第一个成员，名字叫天藏，据他自己所说，他以前的名字叫甲。天藏加入之后，旗木新雨也不再向猿飞日斩要求新增队员。
两人一人负责刺探、情报收集、后勤管理，一人负责出手执行，在一次任务中，天藏甚至找到了自己的“真爱”。
但是自觉没有身份的天藏，配不起那个女孩，旗木新雨第一次向暗部成员说出了除任务指令之外的话。
旗木新雨发誓会给天藏一个身份，一个足够明媒正娶任何一个未婚女子的身份，天藏闻言后只是不断的笑着。
随后两人不再提这个话题，整整五年时间，两人的足迹踏遍了忍界的任何一处角落，每一处有人烟的地方，就会有旗木新雨挥下屠刀的印记。
但是忍界却没有一丝关于木叶暗部“夜叉”的消息，因为旗木新雨没留过任何活口，百分之百的斩杀率和任务完成率，让这两人的威名，只在木叶暗部之中流传。
这期间，每当旗木新雨回到村子，回到暗部基地时，都会听到一个留言，暗部基地的出口处，经常有一名少女在那里驻足。
木叶五十四年秋，暗部又迎来了一名天才忍者，刚刚完成斩首行动归来的旗木新雨，被猿飞日斩要求作为那名天才忍者的考核官。
然后......大家明白了天才和天才之间也是不能一概而论的，那个显然是宇智波一族的少年，甚至连写轮眼和忍术都“来不及”发动，就被旗木新雨直接制服。
但旗木新雨却出乎所有人意外的给出了通过的回答，并且要求让那名宇智波的少年加入他的队伍。
夜叉、猫、秋田犬，是旗木新雨、天藏和宇智波鼬的面具，旗木新雨除非任务执行中，否则并不喜欢带那个面具。
而天藏的猫面具，除非旗木新雨强烈要求，否则是不可能摘下的，仿佛猫才是天藏应该有的脸。
而宇智波鼬的秋田犬面具，则是旗木新雨说戴上时马上戴上，旗木新雨没说摘下前绝不摘下，即使吃饭也是如此。
有了宇智波鼬的加入，旗木新雨轻松了许多，每一次外出执行任务，也不用像之前那样亲自出手了。
而是由天藏负责情报收集、宇智波鼬负责出手斩杀，而他本人，则是躺在天藏用木遁忍术建造的房屋中，静待二人凯旋。
宇智波鼬也不知道从哪里听说了旗木新雨加入暗部的原因，家人与村子之间的取舍，旗木新雨选择了前者，牺牲自己，遁入黑暗之中。
这让宇智波鼬很是好奇，经常询问这些话题，旗木新雨也乐于回答，一遍又一遍的跟他讲述家人的意义。
但是宇智波鼬似乎听不懂，随着宇智波鼬加入暗部的时间越长，他所问的问题也越来越奇怪，用天藏的话说，就是“人也能问出这些问题吗？”
一天，旗木新雨小队得到了难得的修习时间，旗木新雨留在自己这两年建造的道场中修行，天藏则是负责场地维护的工作。
傍晚时分，宇智波鼬找上了门，身穿暗部服饰，开没开口，旗木新雨就已经血振、纳刀，说道：“今晚我不会在村子，但我希望你不要做一些会让你后悔的事情。”
“队长...多谢了。”