自下午4时发起总攻至午夜时分，日军被分割完全陷入各自为战境地。第2天中午，虽然战场区域还有零星的枪声，但那是士兵们在清除依然在抵抗的小股日军。大批日军俘虏出现在视野里。此番日军成建制的被俘，说明日军士兵抵抗意志已经发生极大变化，活着也许比死亡更重要。时下日军士兵整体玉碎的作战勇气，已经出现较大变数。首次在对日作战中抓获如此众多的俘虏，其意义不可估量。
此番忙坏了随军记者，其中不乏高鼻梁、蓝眼睛的美军记者。面对日军一队队战俘，镁光灯不时闪烁，日军士兵一张张茫然的面孔被记录下来，成为活生生的见证。战场上是这番情景，日军台北司令部的情景更是不堪目睹。此时，失败的气氛笼罩，司令官山下奉文面色苍白、双眼通红，坐在椅子上一言不发，不知道在想什么。
“将军，根据岗村司令官命令，责令25师团、101师团、47师团撤往中央山脉，从新构筑防线。第45师团就地在竹东构筑防线。第52师团正在向新竹开拔！”日军参谋长小心翼翼禀报，山下奉文似乎无动于衷。然而他哪里想到，更大的打击接踵而来，出乎所有的预料，敌军居然打出组合拳，第2兵团宋任穷，在肖峰所部围歼日军第18师团8个小时后，突然在新竹发动了登陆作战。
为了满足作战之需，台海战役期间，总部在广州沿海又征调了大约200艘各种船只，其中不乏商船、货轮。福州联合司令部内，参谋长白崇禧面色严峻道：“欧阳司令，宋任穷的主力兵团已经到达新竹海面。根据作战部署，一支登陆突击队，将在西北侧的南寮登陆并迅速抢占南寮渔港，保证宋任穷主力兵团在南寮登陆。根据敌情通报，日军45师团主力拉到竹东后，新竹兵力空虚，估计防守南寮不会超过一个大队士兵。”
白崇禧接道：“根据空军侦查，一支日军师团主力由桃园出动目标是新竹。现在可以证实这支日军师团是驻守桃园的第52师团，同时证实我们的判断，日军第18师团被围歼后，日军新的部署为：以新竹、石门及中央山脉为主形成新的防线。在日军新的防线没有形成之前，趁着日军混乱迅速抢占新竹粉碎日军的企图，时机恰到好处。”“告诉宋任穷，午夜时分务必攻占南寮渔港。命令肖峰发扬连续作战精神，出动一个师前出宝山，堵死日军45师团西逃之路。”
欧阳剑选择在新竹开辟第2登陆点，就是看到了日军第45师团主力已经成为一支孤军，欧阳剑决定在竹东和宝山一带，趁机围歼日军第45师团主力。当晚8时，第7军军长宋任穷在海上下达攻击命令，向南寮渔港发动进攻。果然不出所料，防守南寮渔港的只有45师团一支大队和200人的海岸警备部队，但是南寮渔港有12座日军炮台。大部队在海上发动佯攻后，一支突击部队趁着夜色乘坐橡皮船进入头前溪河入海口。
南寮位于头前溪入海口南侧U型港湾内，是一处浅水湾不适合大型船舶靠岸，坦率说就是一处渔港。大部队发动攻击无非就是造声势，吸引日军瞩目并掩护突击部队进入头前溪内河抢滩登陆。日军依仗海岸炮台的远程打击，并不担心敌军发动登陆作战，因此日军在头前溪内河入海口沿岸，没有构筑防御工事。日军第45师团主力前出竹东救援第18师团后，新竹地区兵力空虚。山下奉文正是看到新竹兵力空虚，才责令日军第52师团前往新竹加强防御。
日军的海岸炮火打的异常猛烈，海面上的攻击部队似乎难以招架、被迫撤退。此时，头前溪入海口的江面上，出现大批橡皮艇。突击部队大约有一个团兵力，很快日军巡逻部队发现了他们。日军巡逻部队一边实施阻击一边向上峰报告。黑暗中士兵迅速登岸，日军巡逻部队寡不敌众、难以招架。上岸的士兵首选是日军位于海岸上的炮台，日军大队长闻听敌军一支突击部队偷偷在头前溪入海口上岸大急，立即命令防守部队出动，消灭敌军偷袭部队。
一场混战在所难免，上岸的士兵一面对付日军炮台，一面于日军混战。岸上爆发出激烈的枪声和爆炸声，预示着偷袭部队成功过登陆，海上的进攻部队趁机再次发动攻击。伴随日军炮台逐个哑火，登陆部队的船只靠近岸边。南寮是一处U型港湾，适合上岸的地点众多。士兵们乘坐木船自由选择登陆地点，上岸的士兵快速向日军冲击，战斗混乱不堪，但是日军依然顽强防守、拼死一搏。
位于竹东日军第45师团师团长高岛有武获悉敌军在海上进攻的报告大急，立即命令师团主力回援新竹。竹东距离新竹大约50公里，工兵联队驻扎新竹。高岛有武命令工兵联队火速出动增援南寮渔港。就在日军工兵联队到达南寮渔港后，发现敌军已经登陆便立即投入作战。此时，渔港内的战斗越加激烈和混乱。海面上，宋任穷的指挥船鹤立鸡群，甲板上宋任穷向渔港内张望。
“军长，20师第60旅已经上岸，部队编制完全打乱。旅指挥部来电，日军派来了增援部队兵力不详。”军参谋长禀报。“我不想听这些，午夜之前务必拿下南寮渔港。命令第20师师长，如果午夜之前拿不下南寮渔港，让他提着脑袋来见我。”宋任穷心里清楚，日军45师团主力正在赶往南寮，这是期望的结果。如果日军45师团清醒过来，迅速向北或着向宝山一线撤退，围歼该师团的企图就会夭折。
“命令22师由头前溪河进入迅速上岸，我要求在天亮之前，22师要出现在头前村一线，切断45师团北逃之路。大约23点左右，南寮渔港大部被攻占。此时，高岛有武率领师团部及主力到达新竹。暗夜下，西北方向的南寮枪炮声依然如雷贯耳。“报告，台北司令部来电，位于桃园的第52师团正在赶往新竹，52师团预计明天早晨6时到达。山下奉文命令我部务必夺回南寮渔港，把敌军赶下大海。”一名作战参谋禀报。
高岛有武命令炮兵联队迅速赶往南寮，同时命令142联队协助工兵联队继续发动攻击。激烈战斗一直持续到临晨5时，高岛有武接到52师团长通报，其先头部队已经接近南寮头前溪北岸，很快就会发动攻击，并形成对南寮夹击之势。此时，宋任穷麾下第7军两个师已经上岸。第22师一部已经到达前头村设防。宋任穷电令20师师长，对日军展开反击，目的是为后上岸的部队腾出空间。
“报告将军，敌军展开大规模反击！”顿时高岛有武被迫由进攻方转为防御。东方露出鱼肚白，日军52师团先头部队到达头前溪北岸，八路军第22师一个旅即可投入阻击作战。战斗打响半个小时后，大批美军轰战机赶到战场，首先对日军52师团先头部队狂轰滥炸，猛烈的空中打击，致使52师团先头部队的攻势迅速瓦解。台北司令部山下奉文接到冈村司令官来电：判断敌军在新竹方向出现的登陆部队至少有一个军，52师团受阻45师团危险了。
山西奉文接到冈村的电报，冷汗顿时冒了出来。仔细一看果不其然，北部除了52师团可以实施救援，45师团几乎就是一支孤军。山下奉文大急，立即电令45师团火速北撤，并与52师团汇合。高岛有武接到山下奉文电令，仔细分析发现所部的确十分危险，随即命令预备72联队向北撤并控制前头村一线，保证主力部队安全撤退。然而对手早就有所准备，22师两个旅已经在前头村一线设防。
日军士兵发起潮水般的攻势，攻击十分犀利。防守士兵在临时构筑的简易战壕内顽强防守，日军北撤匆忙炮兵联队根本无法快速跟进实施炮火支援，而22师也没有炮火支援。此时，美军的轰炸机群正在全力对付日军52师团，也没有空中支援，双方完全是轻武器对决，战斗进入白哈化。上午8时，日军第142联队一部投入作战，战况更加激烈。此时，宋任穷的指挥船靠上码头。
“报告军长，22师两个旅在前头村一线顽强阻击了3个小时，打退了日军5次轮番进攻。是否派兵增援。”一名作战参谋禀报。宋任穷摇头道：“日军52师团已经被成功阻截，不用担心前头村一线的安危，命令上岸的21师立即从右翼包抄，此举同样可以缓解前头村的防守压力。我们的目的是让日军45师团向西撤退。肖峰来电，所部第17师两个旅已经在宝山以逸待劳。”
新竹日军45师团指挥部内，一名作战参谋禀报：“报告，左翼发现大批敌军部队。”高岛有武闻听有些发呆。日军参谋长急切道：“立即向总部报告，敌人上岸的援兵出现在左翼，企图包抄我部。”不到一分钟，台北司令部来电，命令高岛有武立即率部向宝山方向撤退。宝山是台湾中央山脉北部的的延伸，其海拔1870米的五步哭山位于此地。向宝山撤退意为什么？意为着日军将丢弃大批军用物资包括笨重的火炮。
情况十分危机，高岛有武命令炸毁笨重的火炮，全师团火速向宝山方向撤退。下午1时，日军大部队狼狈的撤退成功。敌军没有实施追击，由此让高岛有武喘了一口气。可是他万万没有想到，此时在宝山有两个旅八路军已经设防。大约下午4时，45师团142联队其先头部队到达宝山，随即遭到阻击。
当高岛有武接到142联队先头部队报告，所部在宝山遭到大批八路军阻击，顿时傻了！