从时空之塔上下来的小智三人见到了昨天遇到的小薪她们。
“小智，又见面了，来场对战如何”胜海走到小智身前“今天就让我的帝王拿波来当你的对手吧”。
“求之不得”小智拿出了精灵球
小薪也走到小光面前掏出了精灵球“小光，我们也再来一场吧”
“好的”
而一边的苔哥的土台龟则和小刚的不良蛙对战，正当六人准备开始战斗时，天空中突然泛起一道紫色的光芒。
“来了吗？”小智抬头看向天空
“离开这里”深处的男声响起，达克莱伊突然从地底的阴影冒出，向四周的精灵扔出了许多黑洞。
除皮卡丘外，不良蛙，土台龟，烈焰猴等精灵一只只陷入了沉睡。
“达克莱伊？波加曼，用潮旋！”
“等等，小光，不要贸然攻击”小智立即伸手拦住了准备攻击的小光“他没有恶意，只是想让我们离开这里”
“小智？你没搞错吧”小光震惊地看着小智，这只达克莱伊明明在攻击大家。
“先离开这里，很快这边就要发生”
“哼，小鬼，要走快走！”艾伯特从一旁走了出来不屑地看着小智，身后跟着的是伪装成急着的火箭队三人组。
“让你看看本男爵是怎么击败达克莱伊的，”
说着便放出了大舌舔，因为这可是他在艾丽丝面前好好表现的机会。
“大舌舔，破坏死光”
破坏死光径直地飞向了达克莱伊，但被达克莱伊轻松躲开，并回敬了大舌舔一发黑洞。中了黑洞的大舌舔和上次一样直接倒了下去把男爵压到了身下。
“白痴一个”小智摇摇头，突然眉头一皱，他的波导已经感觉到了。在时空之塔的上方的庞然大物，空间之神帕路奇亚。
“滚出去！”达克莱伊飞到了高空中，一发恶之波动让隐藏着的帕路奇亚显形。出现在时空之塔上方的帕路奇亚一声大吼，原本蔚蓝的天空瞬间暗了下来。
“空间果然被彻底封锁了”小智看着这一幕轻语。
“小智，这到底是怎么了？”
“那只受伤的帕路奇亚逃到了阿拉莫斯镇，为了防止被帝牙卢卡找到所以把整个阿拉莫斯镇封锁在异空间中”小智解释道。
东尼奥看向手中的电脑“估计达克莱伊感觉到了这点，想要把阿拉莫斯镇从异空间解放出来，才去攻击帕路奇亚，但是”
东尼奥话音刚落，从高空中落下了龙星群，砸中了正在和达克莱伊交战的帕路奇亚。在龙星群中，一只通体深蓝色如同一只恐龙般的巨大精灵直接撞向了帕路奇亚。
“时间之神，帝牙卢卡终究还是来了”东尼奥看着这一幕说道。
“奥拉希翁”小智转过头看向艾丽丝与东尼奥“时空之塔里的奥拉希翁可以平息这两只愤怒的神兽”。
“对了，古狄的确在书上记载”东尼奥恍然大悟“我们快去时空之塔奏响奥拉希翁，要不然阿拉莫斯镇会消失在两只神兽的战斗中的”
事实上此时阿拉莫斯镇因为进了时空乱流的关系，镇上的建筑正在一点点消失。乔伊与镇长赶紧指挥着镇上的居民向避到庭院深处。
但就在小智几人刚走进时空之塔，帕路奇亚的一发亚空切割突然向着时空之塔的塔顶袭去。
“糟了，若是机器被破坏的话”小刚惊呼。
千钧一发之际，达克莱伊直接用身体挡住了帕路奇亚的亚空切割。吃了这招的达克莱伊直接从空中掉落下来。
此时时空双神的战场已经渐渐向这边转移，这样没等奥拉希翁奏响，时空之塔就会被战斗的余波破坏。
小智见此直接打开了精灵球放出了姆克鹰。
“小智？”众人一脸不解地看着他，不明白小智突然放出姆克鹰是要干什么。
“找到奥拉希翁的音盘后就用姆克鹰飞到塔顶吧”小智解释道“我去救达克莱伊，并把帝牙卢卡和帕路奇亚引开”
“不，小智，这太危险了！”小光立刻摇头，紧紧地拉住了小智的手臂。
小智看了眼正在向时空之塔这边靠着的时空双神“再这样下去大家都会死，没时间犹豫了”。
但即便如此，小光还是紧紧地抱着小智的手臂不让他离开。
小智无奈地轻叹，摸了摸小光的头“放心吧，我答应你一定平安回来”
小光低下头，松开了抱着小智的双手。
小智见此立刻让拉鲁拉斯使用瞬间移动来到塔外，看着正向交战中的时空双神打开了两个精灵球。
“喷火龙，爆炸燃烧。蜥蜴王，硬化植物”
破土而出的爆炎与巨大的藤蔓分别命中了帝牙卢卡与帕路奇亚，虽然是神兽，但被大招命中依旧有不小的伤害，更何况属性克制。
吃痛的帝牙卢卡与帕路奇亚立刻把目标转向了小智面前的两只精灵，同时朝喷火龙与蜥蜴王冲过了来。
看着向自己飞扑过来的两只神兽，小智深吸一口气，把手放在了护臂上的key石上“喷火龙，蜥蜴王，mega进化！！”
（为了剧情发展，大家就不要吐槽早就知道剧情的小智为什么不早点奏响奥拉希翁或者直接不要从塔顶上下来，就等着帕路奇亚来然后奏响音盘就是了。如果这样写的话剧场版很快就没了，为了让作者菌水点字数，所以大家见谅一下啊。下一章会结束剧场版。）